La misión del IHH es contribuir al desarrollo del país y al bienestar de la sociedad a través de la investigación en el campo de las ciencias e ingeniería de los recursos hídricos y la formación de recursos humanos con base en la investigación.
El Instituto de Hidráulica e Hidrología es un centro de investigación ejecutor de proyectos de investigación que cumplan con objetivos de desarrollo nacional y regional, con excelencia en la investigación y docencia, con contenido de interacción social y vocación de servicio a solucionar problemas nacionales, transmisor de tecnología y relacionador eficiente con agentes académicos nacionales e internacionales.
Los objetivos del Plan Estratégico (PEI) son: Consolidar al IHH como centro científico de alta calidad en recursos hídricos, que ejecute proyectos dirigidos a aportar con el desarrollo nacional y regional. Lograr que el IHH brinde servicios docentes de excelencia a nivel de pre - y postgrado Que el IHH profundice su participación de tareas de interacción social, brindando servicios de óptima calidad, dando especial atención a proyectos de interés nacional y regional. El objetivo del Plan de Desarrollo del Instituto (PDI) es el de brindar un documento que sirva de referencia para las acciones a ser ejecutadas en los próximos cinco años. Responde a los lineamientos estratégicos definidos mediante un proceso de planificación participativa.